九江学院工会系2004年5月18日，由四校工会组织合并组建而成。2006年---2023年，学校共召开18次教职工代表大会，现为学校第三届工会委员会，委员会由15人组成。校工会委员会下设经费审查委员会、妇女工作委员会、宣教与文体工作委员会、生活福利工作委员会、提案与维权调解工作委员会，全校现有37个分工会，基层分会组织健全，制度规范，现有在职职工会员2573人。

多年来，九江学院工会在上级工会和学校党委的领导下，紧紧围绕学校中心开展工作，全心全意依靠广大教职工，认真履行职责，发挥工会组织的“四项职能”，充分发挥工会的桥梁纽带作用。2011年荣获九江市总工会“模范教职工之家”称号；2014年荣获江西省教育工会 “先进工会组织”称号;2020年获得江西省总工会“模范职工之家”称号。